Způsobilými náklady nejsou např.: bankovní poplatky; úroky z úvěrů; debetní úroky; pokuty, penále, finanční tresty; rezervy na možné budoucí ztráty a dluhy; nedobytné pohledávky; správní poplatky (např. výpis z katastru nemovitostí, výpis z obchodního rejstříku apod.); daň z přidané hodnoty s nárokem na odpočet daně nebo vrácení; náklady na právní spory; daně (silniční daň, daň z nemovitostí, apod.); ostatní sociální náklady na zaměstnance, na které nejsou zaměstnavatelé povinni přispívat dle zvláštních právních předpisů (např. příspěvky na penzijní připojištění, životní pojištění, dary k životním jubileím, příspěvky na rekreaci apod.); clo.
Způsobilými náklady nejsou rovněž takové náklady, které byly nebo budou nárokovány jako způsobilé v rámci jiných dotačních programů.