Nezpůsobilými náklady jsou například:
 stipendia
 bankovní poplatky;
 úroky z úvěrů;
 debetní úroky;
 pokuty, penále, finanční tresty;
 rezervy na možné budoucí ztráty a dluhy;
 nedobytné pohledávky
správní poplatky (výpis z katastru nemovitostí, výpis z obchodního rejstříku apod.);
 daň z přidané hodnoty s nárokem na odpočet daně nebo vrácení;
 náklady na právní spory;
 daně (silniční daň, daň z nemovitostí, daň darovací, daň dědická, apod.);
 ostatní sociální náklady na zaměstnance, na které nejsou zaměstnavatelé povinni přispívat dle zvláštních právních předpisů (příspěvky na penzijní připojištění, životní pojištění, dary k životním jubileím, příspěvky na rekreaci apod.);
 clo;
 náklady, které byly nebo budou nárokovány jako způsobilé v rámci jiných dotačních programů.