Neuznanými náklady jsou např. daň z přidané hodnoty (u příjemců, kteří jsou plátci této daně, a kteří uplatňují její odpočet nebo odpočet její poměrné části), jiné daně (silniční daň           - nejde-li o poměrnou část při používání vozidla při řešení projektu, daň z nemovitosti, daň darovací, dědická, apod.), celní a správní poplatky, náklady na marketing související                    s prodejem a distribucí výrobků, náklady na pohoštění, dary a reprezentaci, náklady                na vydání periodických publikací, učebnic a skript, náklady na vzdělávání a školení, náklady (výdaje) na pořízení budov a pozemků, opravy nebo údržba místností, stavby, rekonstrukce budov nebo místností, nábytek či zařízení, která nejsou pevnou součástí místností, náklady        na finanční pronájem a pronájem s následnou koupí (např. leasing, aj.), výdaje na záruky,  úroky, bankovní poplatky, kursové ztráty, úroky z dluhů, manka a škody, výdaje související s likvidací příjemce, nedobytné pohledávky, náklady na klinické hodnoc